La segunda parte, titulada La Contra Armada inglesa es el meollo y la parte más extensa del libro. Comienza cuando la flota inglesa de interceptación, agotada, deja de perseguir en la distancia a la Gran Armada y arrumba a la costa. A partir de aquí los datos son verdaderamente sorprendentes. Isabel de Inglaterra, aconsejada por sus marinos, decide mantener movilizada a su flota temerosa de que la Gran Armada, aún prácticamente intacta, ataque Inglaterra desde el norte. Esta movilización, que durará más de un mes, va a tener consecuencias desastrosas para la tripulación de los barcos. Efectivamente, una virulenta peste, que ya había comenzado a hacer estragos durante las operaciones en el Canal, se ceba con hombres que llevaban demasiado tiempo embarcados en navíos ya infectados. Al menos la mitad de los efectivos, más de 8.000, mueren en penosas circunstancias mientras sus capitanes suplican la desmovilización. Esto ocurre mientras se producen los 28 naufragios de la Gran Armada en su viaje de vuelta. Pero Isabel no ordenará la desmovilización hasta tener noticias ciertas de que la Gran Armada regresa a España.

Los siguientes capítulos tratan con detenimiento los preparativos en La Coruña para repeler el inminente contraataque inglés, del que está informado Felipe II, y también la movilización general que se produce en Inglaterra para preparar este ataque. La flota que, al mando de Francis Drake y John Norris, zarpa de Plymouth el 28 de abril de 1589 está compuesta por más de 180 barcos y 27.667 hombres. Es más grande que la Invencible (137 barcos, 25.696 hombres). Su objetivo es aprovechar la momentánea, pero extrema, debilidad de la marina española debida a que los barcos regresados de la Gran Armada necesitan una completa reparación y nuevo aparejamiento y no hay tiempo material de hacerlo en tan corto lapso. Para cumplir este objetivo tiene tres misiones. La primera y fundamental es destruir el grueso de la Gran Armada, que está siendo reparado en Santander. La segunda tomar Lisboa y entronizar al prior de Crato, pretendiente bastardo a la Corona portuguesa heredada por Felipe II unos años antes. Crato, a cambio de la ayuda, ha ofrecido convertir Portugal en país satélite de Inglaterra y permiso para penetrar en el imperio portugués. La tercera consiste en tomar las Azores e interceptar la flota de Indias, con lo que se prepararía la usurpación de las rutas oceánicas abiertas por España y el colapso del imperio español.

Los capítulos siguientes narran las operaciones militares con detenimiento y profusión de documentos inéditos. Drake y Norris, ignorando las órdenes de Isabel, y dejándose llevar por los intereses de los armadores privados, mayoritarios en la Contra Armada, atacan La Coruña. Es una plaza teóricamente más débil que Santander, y espera allí encontrar un fácil, rápido y sustancioso botín. Pero La Coruña, defendida por la población levantada en armas y por la infantería de los barcos de la Gran Armada regresados a Galicia, consigue rechazar el cruento y tenaz ataque sometiendo a los invasores a un insoportable desgaste. Es entonces que se hará célebre María Pita. Y es de destacar que la plaza gallega era muy pequeña, 4.000 habitantes, con lo que se puso claramente de manifiesto la superioridad de la infantería española. Algo, por cierto, reconocido por los tratadistas ingleses de esta época.

Después de sufrir graves pérdidas y un considerable retraso en La Coruña, Drake aproa hacia Lisboa. Pero, tras el inesperado descalabro en La Coruña, la flota ya no se atreve a seguir el plan inicial y atacar frontalmente Lisboa. Esta indecisión será aprovechada, y tras diversas operaciones militares, por vez primera narradas, la expedición es severamente derrotada. La defensa de Lisboa es protagonizada por 5.000 soldados viejos de infantería española. Su estrategia fue impedir el aprovisionamiento, aislar y hostigar al ejército desembarcado, y, el 3 de junio de 1589, atacarlo directamente. El ejército huye entonces hacia los barcos, donde la peste y el hambre vuelven a hacer su aparición. Un vez derrotada, al zarpar, y aprovechando una calma chica, la Contra Armada es atacada por las galeras españolas que hunden o capturan varios barcos y producen la dispersión de la flota. En el difícil viaje de regreso, la peste y el hambre alcanzan su paroxismo dejando literalmente los barcos sin hombres para ser gobernados, y así muchos de ellos se pierden en el mar. De los más de 180 barcos zarpados sólo vuelven a Inglaterra 102, casualmente, el mismo número de barcos regresados de la Gran Armada. De los 27.667 hombres participantes, se presentan a la paga 3.722. Sumando los caballeros regresados no se llega a los 5.000 supervivientes, como ya reconoció Martín Hume, en 1896, en The year after de Armada, breve y valioso artículo dedicado a esta expedición. R. B Wernham, a su vez, publica en 1988 The expedition of sir John Norris and sir Francis Drake to Spain and Portugal.

Es una importante colección documental sobre la jornada, pero el investigador británico no extrae todas las conclusiones de los documentos recopilados. Sin embargo, ni uno ni otro, ni nadie hasta ahora, ha manejado, además, la profusa documentación española inédita en la que se basa el libro. La expedición inglesa se convierte así, tanto por el número de hombres como de barcos perdidos, en la mayor catástrofe naval de la historia de Inglaterra. Efectivamente, perdió probablemente más de 20.000 hombres y 80 barcos. La Gran Armada, por su lado, perdió un máximo de 11.000 hombres, y 35 barcos. En esta segunda parte también se narra cómo fue ocultado, a través de la publicación de panfletos y la hábil estrategia propagandística isabelina, este magno desastre desde el mismo momento en que se produjo.